Szczepienie przeciw kleszczowemu zapaleniu mózgu jest zalecane przez Głównego Inspektora Sanitarnego, zgodnie z Programem Szczepień Ochronnych, osobom przebywającym na terenach o nasilonym występowaniu tej choroby: w szczególności osobom zatrudnionym przy eksploatacji lasu, stacjonującemu wojsku, funkcjonariuszom straży pożarnej i granicznej, rolnikom, młodzieży odbywającej praktyki oraz turystom i uczestnikom obozów i kolonii.
Najwięcej zachorowań w Polsce odnotowuje się w średniej grupie wiekowej, częściej u mężczyzn niż u kobiet. Wiąże się to z większą częstotliwością prac w lesie i rekreacyjnym zbieraniem owoców runa leśnego wśród płci męskiej. Zauważalny jest wzrost zachorowań na KZM w starszej grupie wiekowej, na co ma wpływ sposób spędzania wolnego czasu wśród osób już nieaktywnych zawodowo.
Zagrożone są również osoby, które często podróżują do miejsc endemicznych KZM. Szczepienia zaleca się osobom, które często spędzają aktywnie czas na świeżym powietrzu, uprawiają turystykę pieszą, rowerową oraz konną, zbierają grzyby i jagody oraz polują. O szczepieniach powinny pomyśleć również osoby, które spożywają produkty mleczne z niepasteryzowanego mleka, lubią spacery po lesie, uprawiają żeglarstwo śródlądowe i turystykę kajakową.